截至2021年底，暨南大学正在运行的政府部门批准建立的科研机构共99个，分别如下（备注：括弧中的年份为获批年度）
国家工程研究中心 | 基因工程药物国家工程研究中心（2005年） |
高性能金属耐磨材料技术国家地方联合工程研究中心（广东）（2016年） | |
网络安全检测与防护国家地方联合工程研究中心（广东）（2017年） | |
国家级国际科技合作基地 | 暨南大学－香港中文大学再生医学联合重点实验室（2009年） |
教育部重点实验室 | 重大工程灾害与控制教育部重点实验室（2007年） |
再生医学教育部重点实验室（暨南大学－香港中文大学）（2007年） | |
中枢神经再生教育部重点实验室（2015年） | |
中药现代化与创新药物研究国际合作联合实验室（2017年） | |
肿瘤分子生物学教育部重点实验室（2019年） | |
教育部工程研究中心 | 基因组药物教育部工程研究中心（2001年） |
人工器官及材料教育部工程研究中心（2006年） | |
热带亚热带水生态工程教育部工程研究中心（2009年） | |
国家中医药管理局重点实验室 | 国家中医药管理局病理生理实验室（三级）（2003年） |
广东省重点实验室 | 广东省生物工程药物重点实验室（2002年） |
广东省光纤传感与通信技术重点实验室（2015年） | |
广东省中药药效物质基础与创新药物研究重点实验室（2016年） | |
广东省环境污染与健康重点实验室（2016年） | |
广东省数据安全与隐私保护重点实验室（2017年） | |
广东省病毒学重点实验室（2019年） | |
粤港澳环境质量协同创新联合实验室（2019年） | |
广东省功能配位超分子材料及应用重点实验室（2020年） | |
广东省非人灵长类动物模型研究重点实验室（2020年） | |
广东省中医药信息化重点实验室（2021年） | |
广东省国际科技合作基地 | 暨南大学-香港中文大学再生医学联合重点实验室（2008年） |
农村农业污染控制修复与再生利用生态工程国际科技合作示范基地（2019年） | |
油料生物炼制与营养安全国际联合研究中心（2019年） | |
中澳空气质量科学与管理广东国际联合研究中心（2019年） | |
肿瘤精准药物发现和诊疗分析国际联合研究中心（2021年） | |
活性天然产物发现及生物合成国际联合研究中心（2021年） | |
中国-新西兰食品安全与营养保障国际联合研究中心（2021年） | |
大湾区及“一带一路”智慧物流国际联合研究中心（2021年） | |
广东省粤港创新平台 | 大气有机物污染与健康风险预警粤港联合创新平台（2017年） |
焙烤食品安全粤港联合创新平台（2018年） | |
广东省工程技术研究中心 | 广东省耐磨及特种功能材料工程技术研究开发中心（2011年） |
广东省网络安全检测与防护工程技术研究开发中心（2012年） | |
广东省工业机器人智能控制工程技术研究中心（2015年） | |
广东省大气污染在线源解析系统工程技术研究中心（2015年） | |
广东省环境污染控制与修复材料工程技术研究中心（2015年） | |
广东省神经功能康复工程技术研究中心（2015年） | |
广东省血液净化临床工程技术研究中心（2015年） | |
广东省纳米化学创新药物工程技术研究中心（2015年） | |
广东省水处理工艺与材料工程技术研究中心（2015年） | |
广东省隐私保护与数据安全工程技术研究中心（2016年） | |
广东省互联网医疗工程技术研究中心（2016年） | |
广东省大数据精准健康工程技术研究中心（2016年） | |
广东省无线应急通信网络工程技术研究中心（2016年） | |
广东省智能终端处理器SoC芯片工程技术研究中心（2016年） | |
广东省可见光通信工程技术研究中心（2016年） | |
广东省生物技术药物工程技术研究中心（2016年） | |
广东省小核酸药物开发工程技术研究中心（2016年） | |
广东省粮油副产物生物炼制工程技术研究中心（2016年） | |
广东省城市生命线工程灾害大数据工程技术研究中心（2016年） | |
广东省水库蓝藻水华防治工程技术研究中心（2016年） | |
广东省现代中药工程技术研究中心（2016年） | |
广东省基因大数据处理与分析工程技术研究中心（2017年） | |
广东省大数据协同育人与应用创新工程技术研究中心（2017年） | |
广东省教育大数据服务与应用工程技术研究中心（2017年） | |
广东省舆情大数据工程技术研究中心（2017年） | |
广东省数量金融大数据工程技术研究中心（2017年） | |
广东省电气与智能控制工程技术研究中心（2017年） | |
广东省3D打印与增材制造工程技术研究中心（2017年） | |
广东省疾病易感性及中医药研发工程技术研究中心（2017年） | |
广东省抗体药物与免疫检测工程技术研究中心（2017年） | |
广东省药物载体开发工程技术研究中心（2017年） | |
广东省晶体材料和晶体激光技术与应用工程技术研究中心（2017年） | |
广东省石墨烯类功能及高性能材料与制品（器件）工程技术研究中心（2017年） | |
广东省食品安全分子快速检测工程技术研究中心（2017年） | |
广东省真空薄膜技术与新能源材料工程技术研究中心（2017年） | |
广东省薄膜光伏关键工艺与设备工程技术研究中心（2017年） | |
广东省耐蚀材料与抗磨蚀工程技术研究中心（2017年） | |
广东省化学精准药物研发工程技术研究中心（2018年） | |
广东省普通高校重点实验室 | 生物材料广东普通高校重点实验室（2001年） |
工程结构故障诊断广东普通高校重点实验室（2005年） | |
中药药效物质基础及创新药物研究广东普通高校重点实验室（2007年） | |
水体富养化与赤潮防治广东普通高校重点实验室（2007年） | |
光电信息与传感技术广东普通高校重点实验室（2008年） | |
水土环境毒害性污染物防治与生物修复广东普通高校重点实验室（2009年） | |
产品包装与物流广东普通高校重点实验室（2010年） | |
功能蛋白质研究广东普通高校重点实验室（2011年） | |
新型半导体材料与器件广东普通高校重点实验室（2021年） | |
广东省粤港澳高校联合实验室 | 代谢与分子医学联合实验室（2021年） |
广东省高校工程技术研究中心 | 广东高校卫星导航定位与位置服务工程技术研究中心（2010年） |
广东高校网络安全检测与防护工程技术研究中心（2011年） | |
广东高校血液净化技术与设备工程技术研究中心（2011年） | |
广东高校耐磨材料与功能材料工程技术研究中心（2012年） | |
广东高校油脂生物炼制工程技术研究中心（2015年） | |
广州市重点实验室 | 广州市耐磨蚀及特种功能材料重点实验室（2014年） |
广州市环境暴露与健康重点实验室（2015年） | |
广州市心脑血管疾病创新化学药物研发重点实验室（2015年） | |
广州市可见光通信工程技术重点实验室（2016年） | |
广州市真空薄膜技术与新能源材料重点实验室（2016年） | |
广州市数据安全与隐私保护重点实验室（2017年） | |
广州市病毒生物学重点实验室（2017年） | |
广州市精准化学药物研究重点实验室（2017年） | |
广州市分子与功能影像临床转化重点实验室（2019年） | |
广州市中医方证重点实验室（2021年） | |
广州市工程研究中心 | 广州市智能建筑检测技术行业工程研究中心（2011年） |
广东省卫生厅重点实验室 | 广东省脑功能与疾病医学重点实验室（2011年） |
| 广东省药品监督管理局重点实验室 | 天然产物化妆品原料创新技术研究重点实验室（2021年） |
